а что, при помощи его можно пошагово отлаживать программу???
Конечно можно. В живую, я иногда только таким способом мог находить суть проблемы.
Здесь все просто, (только не все пики поддерживают дебаг, например 16F628, это не может).
Скрещиваете Proton и MPLAB, хотя можно и через COF файл, который протон генерирует нормально. Если хотите через bas, то в Mplab-е делаете проект с нуля, в качестве исходника ставите ваш bas файл, выбираете компилятор (об этом написано в файле - Using Proton with MPLAB). Далее можете в Mplab компилировать и делать все что надо. Потом выбираете симулятор PICkit2? начинаете делать пошаговую отладку, он прошивает контроллер и по шагах в живую можете отлаживать. Еще можете здесь почитать, там про отладку хорошо написано.